IMC國際數學競賽聯盟的最高管理機構為聯盟理事會，理事會由聯盟成員國家和地區的競賽組織機構選出的代表構成。聯盟的最高執行機構為聯盟秘書處，負責聯盟的日常工作以及年度競賽活動的組織協調工作。按照聯盟章程規定，在每個成員國家（或地區）設立一個秘書處，職責是具體組織實施聯盟年度工作計劃；協調所在國家（或地區）的聯盟會員開展工作，組織選拔學生參加每年一度的IMC國際數學競賽。截至目前為止，IMC國際數學競賽聯盟的成員國家和地區共有十七個，包括中國大陸、香港、臺灣、新加坡、菲律賓、馬來西亞、印度尼西亞、韓國、印度、泰國、伊朗、緬甸、越南、澳洲、斯里蘭卡、哈薩克及澳門。